La vanille est remarquable pour fournir l’un des rares cas où l’hybridation naturelle chez les orchidées néotropicales a été signalée (Lubinsky et al. 2006). Nielsen et al. (Nielsen et Siegismund 1999; Nielsen 2000) ont mis en évidence des hybrides sauvages spontanés entre les espèces Aphyllae V. claviculata et V. barbellata dans la région de Porto Rico en utilisant des marqueurs morphologiques et iso-enzymatiques.
Cependant, la différenciation inter-spécifique s’est avérée faible entre les deux espèces et était principalement due à des différences de fréquences alléliques plutôt qu’à la présence d’allèles spécifiques. Il a alors été suggéré que ces espèces sont étroitement liées avec un ancêtre commun relativement récent (Nielsen et Siegismund 1999; Nielsen 2000).
L’hybridation inter-spécifique entre les espèces américaines de la section Foliosae (sous-section Lamellosae) a été utilisée avec succès dans le programme de sélection mené à Madagascar où des hybrides V. planifolia X V. tahitensis et V. planifolia X V. pompona ont été obtenus (Delassus 1960; Dequaire 1976; FOFIFA 1990).
Il est donc hautement probable que des hybrides spontanés entre V. planifolia et d’autres espèces sympatriques pourraient se produire, comme suggéré entre V. planifolia et V. pompona ou V. insignis, sympatriques près de Papantla (Lubinsky 2004). Soto Arenas (1999b) a suggéré que des espèces parfumées telles que V. barbellata (espèce américaine de la section Aphyllae) et V. inodora (espèce américaine de la section Foliosae sous-section Membranaceae) sont trop divergentes de V. planifolia pour espérer une hybridation réussie avec elle.
Cependant, récemment, des programmes de sélection en Inde ont réussi à créer des hybrides entre les espèces éloignées V. planifolia et V. aphylla (espèce américaine de la section Foliosae et espèce asiatique de la section Aphyllae, respectivement) (Minoo et al. 2006b), démontrant l’absence de barrières reproductives entre les espèces de vanille éloignées.
La survenue d’hybridation inter-spécifique est un problème qui doit être pris en compte et testé dans les études taxonomiques et phylogénétiques du genre. Cela pourrait être l’une des raisons des difficultés à délimiter clairement et à identifier les espèces et pour la confusion actuelle dans la taxonomie de la vanille.
Hybrides artificiels
Dans les années 1950-1980, des programmes de recherche sur l’hybridation ont été réalisés par l’IRAT (Institut de Recherches Agronomiques Tropicales) et l’IRAM (Institut de Recherches Agronomiques à Madagascar) à Antalaha (Madagascar) conduisant à la création avec succès d’hybrides interspécifiques (Delassus, 1960; Dequaire, 1976; FOFIFA, 1990)
Mise en évidence du rôle de l’hybridation dans l’évolution du genre
Vanilla.
Cette étude SSR a permis de confirmer l’origine parentale de quelques accessions d’hybrides interspécifiques cultivés à Madagascar (‘Manitra Ampotony’, ‘Tsy Taitry’) ce qui témoigne de sa solidité pour résoudre des évènements d’hybridation naturelle.